Mais au XVI^ème siècle, la tutelle de Liège prend fin. Une réorganisation de la cartographie religieuse s'impose.

D'une part, la répartition des circonscriptions ecclésiastiques de nos régions (treize diocèses) remontant pour la plupart à l'époque romaine ainsi qu'au Haut Moyen-Âge ne correspond plus du tout au découpage politique des XVII Provinces. À ce moment, les treize diocèses dépendent de trois provinces ecclésiastiques situées hors du pays : Cologne, Trèves et Reims. Le diocèse de Liège, bien plus étendu que la Principauté de Liège elle-même, dépend plus particulièrement de l’archevêché de Cologne. Cette organisation ne tient d’ailleurs compte ni des langues parlées, ni de l'accroissement démographique. Une telle organisation chaotique génère nécessairement des problèmes de communication, particulièrement handicapants dans une Europe secouée par les idées des réformateurs. Les visites irrégulières dans les paroisses n'assurent plus vraiment aux autorités ecclésiastiques un contrôle efficace du clergé.

D'autre part, depuis l'hérésie de Luther au début du siècle, les progrès du protestantisme préoccupent avec acuité nos souverains catholiques, Charles Quint puis Philippe II. Comment « sauver » ce qui reste à sauver du catholicisme ? Une réorganisation rigoureuse de la répartition des diocèses donnerait ainsi une plus forte cohésion aux XVII Provinces et assurerait au souverain la nomination - et le contrôle partiel ! - du corps épiscopal. Un tel remaniement constituerait dès lors une arme efficace pour juguler les idées novatrices des réformés, un réel tremplin pour les idées de la Réforme catholique.

La réorganisation territoriale de 1559-1561

Le 12 mai 1559, le pape Paul IV consent à la réorganisation des évêchés dans nos régions. La bulle Super Universas supprime l'ancienne répartition et subdivise le territoire de nos régions en trois provinces ecclésiastiques en tenant notamment compte de l'aspect linguistique : voient ainsi le jour les archevêchés de Malines, Utrecht et Cambrai - ce dernier incluant les nouveaux diocèses d’Arras, Tournai, Saint-Omer et celui de Namur.

Toute cette réorganisation fait inévitablement ombrage aux anciens privilèges : ceux de la noblesse, ceux des abbayes brabançonnes et tout particulièrement ceux des évêques liégeois. En 1562, le chapitre de Saint-Lambert s’oppose d’ailleurs fermement à l’installation du premier évêque de Namur. Quelques chanoines et le doyen du chapitre de Saint-Aubain sont même menacés par la justice liégeoise sans que toute cette affaire ne tracasse les ouailles de nos paroisses.

Quoi qu’il en soit, ce remaniement territorial mené parallèlement au catholique Concile de Trente atteint son but : un meilleur contrôle du clergé dans la lutte contre la dissidence protestante. Les diocèses sont maintenant subdivisés en entités inférieures, les doyennés, ceux-ci étant constitués des différentes paroisses dont le guide avait « charge d’âme » (cura animorum). C’est d’ailleurs de cette appellation que dérive le nom de « curé ».

Le XVIII^ème siècle

À l’aube du XVIIIème siècle, Bovesse ne dispose pas encore d’une église digne de ce nom. L’existence d’une chapelle dédiée à saint Nicolas est néanmoins attestée – les habitants parlent alors de leur « autel ». Ce lieu de culte était situé entre l’implantation actuelle du cimetière et le Château de la Distillerie. Les bénéfices en résultant sont affectés à l’entretien d’un chapelain dépendant directement de la paroisse de Saint-Denis, mais au début du siècle cette chapelle est fermée, obligeant ainsi les fidèles à se rendre à la messe à Saint-Denis… Les routes et chemins étant peu praticables, particulièrement durant la saison d’hiver, c’est logiquement que les habitants de Bovesse réclament au cours de l’année 1755 à l’évêque de Namur – Paul Godfroid, comte de Berlo et évêque – la réaffectation de leur « autel » au culte. La réponse ne tarde pas (janvier 1756) : la chapelle est rouverte, mais ne sera accessible que de la Toussaint jusqu’au printemps. De plus, sa fréquentation est réservée en priorité aux « vieilles gens » et aux « caduques ».

Le séisme révolutionnaire

En 1794, comme suite aux troubles révolutionnaires secouant notre puissant voisin français et conséquemment à la victoire française de Fleurus face aux Autrichiens, la « Belgique » est annexée. Bovesse devient un territoire du département de Sambre-et-Meuse et subit dès lors la vindicte des lois françaises, notamment les lois restrictives au niveau de la pratique du culte.

En 1801, conséquemment à la signature du Concordat entre Bonaparte et le Saint-Siège, bien que sous conditions, le culte catholique est rétabli. Les paroisses du Namurois sont réorganisées en fonction de la législation concordataire par l’évêque Léopold Claude de Bexon – établi dans ses fonctions depuis le 29 avril 1802 – sous la tutelle des services du préfet Péres. Le travail est achevé en juin 1803, mais suscite bien des contestations. Il faut attendre 1808 pour que le sort des nouvelles paroisses soit scellé.

Attachée au diocèse de Namur, la paroisse de Bovesse est établie en 1808 et est rattachée à la paroisse de Rhisnes. Elle est érigée en chapellenie par arrêté royal en 1838 et en 1842 devient une succursale indépendante. L’ancienne chapelle est agrandie et restaurée la même année.

Dans la seconde moitié du XIX^ème siècle, en l’absence d’un édifice capable d’accueillir une population en expansion, à l’instar des paroisses de Meux, de Warisoulx et d’Émines à la même époque, les autorités communales de Bovesse expriment en 1876 le souhait d’édifier une église suffisamment spacieuse. Les plans d’un édifice néo-roman sont approuvés par le conseil communal en date du 2 décembre 1877 et l’emplacement choisi se trouve légèrement en dehors du cœur du village, car il faut également construire un presbytère et une maison communale. L’inauguration de la nouvelle église Saint-Nicolas a lieu en 1880. Le presbytère est inauguré en 1882 et sera désaffecté par la commune en 1970. L’ancienne maison de l’institutrice, bâtiment communal édifié aux alentours de 1900, est alors affectée à usage de presbytère.

Situation actuelle

Avant d’être rattachée au doyenné de Saint-Servais (26 septembre 1958), la paroisse de Bovesse est liée au doyenné de Leuze dès 1837. En 1960 est érigée la région pastorale de Namur comprenant les doyennés d’Andenne, Auvelais, Fosses-la-Ville, Gembloux, Jambes, Leuze, Namur et Saint-Servais. En 1979, la paroisse de Bovesse est incluse au secteur pastoral de Meux–Rhisnes, faisant lui-même partie intégrante du doyenné de Saint-Servais.